Contra 3: The Alien Wars
La historia del juego sucede dos años tras los eventos ocurridos en Super Contra en el año 2636, donde los aliens de los juegos previos relanzan una ofensiva a gran escala contra la tierra. Bill Rizer y Lance Bean del equipo Contra llegan a la Neo Ciudad devastada para detener la invasión.
El juego está compuesto por seis niveles, cada uno de los que termina en un jefe de fases. Además, en cada nivel hay varios subjefes, distribuido a lo largo del mismo, que debes vencer para que puedas avanzar: las etapas son las siguientes:
Suelo Cero: En las calles atestadas de Neo Ciudad, debes remover varios subjefes como tanques o torres armadas y después al jefe final: una tortuga alienígena (Taka).
Derribando la Autopista: Allí debes derrumbar los objetivos para poder avanzar. A diferencia de las demás etapas, aquí no hay subjefes, solo el jefe final: un tanque gigante (Araña Bosco).
Neo Fábrica de Acero Kobe: En una zona industrial más difícil que en los Niveles 1 y 2, tienes que vencer una máquina voladora con un taladro (Caminadora de Paredes de Triple Transformación), que vuelve en forma de máquina escaladora cuando la derrotas por primera vez, una nave con apariencia de un ovni (Base Garth), dos robots avanzados (Kenny 1 y 2) y finalmente, un alienígena de esqueleto: el Gran Fuzz.
Guerreros de Carretera: Allí viajas en una moto aérea y debes vencer a los enemigos entre el movimiento, remover una máquina con tentáculos, montarse en un helicóptero aliado, quitar un sujeto (Ninja Cohete Sasaki), viajar en un misil supersónico y finalmente, usando misiles enormes como transporte para derrotar una nave colosal: el Acorazado Anti-Contra Dodriguez.
Anidando en las Arenas: Así como con el Nivel 2, como aquí luchas con vista aérea, debes quitar 5 objetivos de alienígenas hormigueros distribuidos en el mapa para ir adonde esta el jefe: Anthell, un alienígena con tentáculos capaz de mover la arena.
No Tierra del Hombre: El último nivel del juego, ubicado en una guarida alienígena mucho más desafiante; allí debes vencer a muchos subjefes: una cabeza alienígena (Java), el Rey Gomeramos, la Bestia de Sombras Kimkoh, el Alienígena Metálico y finalmente, en caso de que consigas llegar, enfrentas a Gava, el principal villano que tiene dos brazos alienígenas con bocas, agujas e incluso rayos láseres y fuego: en caso de que le derribes (después de hacerle suficiente daño), el alienígena se transforma en Searle (un cerebro mutante con múltiples ataques para vencerte) y en caso de que demuelas el alienígena otra vez, subes al helicóptero aparecido en el Nivel 4 (Guerreros de Carretera), pero el cerebro se cubre solo en una coraza viviente orgánica (con su fase Six Men Feromedos) y te hace cacería en tu huida, en un intento final de vencerte; para ganar el juego, debes vencerle y conseguir huir con el resto de los supervivientes.
